ตามตำนานกล่าวว่าเมื่อพุทธศักราช   1000-1200  เจ้าเมืองละโวผู้เป็นพระมหากษัตริย์ในแว่นแคว้นสุวรรณภูมิมีหัวเมืองต่าง เป็นบริวารเป็นจำนวนมาก พระองค์จึงมีกฤษฎาภินิหารมีพระบารมีเนื่องด้วยสืบสันติวงศ์มาเป็นเวลาช้านาน  จึงเป็นเสมือนสมมุติเทพตามความเชื่อของขอมและมอญโบราณ  เมื่อล้านนาขาดผู้นำ  พระฤาษีสุเทวะ  และเจ้าผู้ครองหัวเมืองฝ่ายเหนือ  จึงได้ไปกราบบังคมทูลให้พระเจ้ากรุงเมืองละโว้ถึงความประสงค์  ที่จะอัญเชิญพระบรมวงศานุวงศ์  พระองค์ใดพระองค์หนึ่งให้ขึ้นครองเมืองลำพูน   พระองค์จึงมีพระบรมราชโองการ  โปรดเกล้า   ให้พระนางจามเทวีพระธิดาองค์เล็ก  ไปครองเมืองล้านนาตามคำกราบบังคมทูล  ของสุเทวะฤาษี  และเจ้าผู้ครองเมืองต่าง   ในหัวเมืองบฝ่ายเหนือนั้น ด้วยโปรดเกล้า   สถาปนาให้ เป็นปฐมกษัตริย์ธิราชเจ้าปกครอง  เมืองลำพูน   และสถาปนา  เมืองลำพูนขึ้นเป็นเมืองหริภุญไชย  ต่อไป
             
ในการรับพระภาระของ  พระนางจามเทวีในครั้งนั้น  นับเป็นพระธุระที่หนักมาก แต่พระองค์มิได้ท้อแท้แม้แต่ประการใด  ด้วยพระองค์มีพระราชศรัทธาใน  บวรพุทธศาสนาเป็นแรงจูงใจและเป็นแรงผลักดันอีกส่วนหนึ่ง  พระองค์จึงใคร่จะไปเพื่อประกาศพุทธศาสนาในปรากฎบนแผ่นดินล้านนาไทยด้วยอีกทางหนึ่ง พระแม่เจ้าจึงรับพระบรมราชโองการ  ของสมเด็จพระราชบิดาด้วยความเต็มพระทัย  ยิ่งครั้นได้ฤกษ์ยามอันเป็นมงคลขบวนเสร็จได้เคลื่อนออก  จากเมืองละโว้  ขึ้นไปทางทิศเหนือสู่เมือง  ลำพูนทันที  ดังกล่าวมาแล้วว่าการเสร็จขึ้นไป  ครองเมืองหริภุญไชยในครั้ง นั้นเป็นการไปเพื่อเผยแพร่บวรพุทธศาสนาใน  วาระเดียวกันด้วยกันด้วย
 
พระเจ้า กรุงละโว้ได้พระราชทานพระบรมสารีรีกธาตุ  ให้พระแม่เจ้า    อันเชิญไป ประดิษฐานตามสถานที่ต่าง   ทั่วล้านนาที่เห็นตามสมควร  ดังนั้นพระรางจามเทวีจึงทรงโปรดให้เสนาอำมาตย์ ข้าราชบริพารสอบถามถึงสถานที่สำคัญในเมืองนั้น ตามเส้นทางที่เสร็จผ่านว่า  สถานที่สำคัญนั้นมีอยู่  ที่ใด   เมื่อทรงทราบจากคำบังคมทูล  และทรงทอดพระเนตรเห็นเป็นประจักษ์ด้วย  พระองค์เองว่าสถานที่นั้นมีความศักดิ์สิทธิ์และสมคารที่จะเป็นปูชนียสถานแล้วจึงจะทรงให้ประดิษฐานพระบรมสารีรีกธาตุ   ที่นั้นต่อไป        
                  
ขณะที่ขบวนผ่านเมืองกุกกุฎไก่เอิก (อำเภอลองในปัจจุบัน) จึงทรงมีพระเสาวนีย์ให้ขบวนเสร็จพักแรมที่ดอนสะแล่ง และตั้งผอบทองคำบรรจุพระบรมสารีรีกธาตุใกล้ ปากถ้ำ  เพื่อให้อาณาประชาราษฎร์ได้ สักการบูชา  และโปรดให้ประดิษฐานพระบรมสารีรีกธาตุ    ปากถ้ำกลางดอนสะแล่งแห่งนั้น (ถ้ำนี้เรียกว่าเหวก็คงไม่ผิด คือมีลักษณะเป็นช่องลึกลงไปใต้ผิวดินเป็นอัศจรรย์ในตำนาน  กล่าวว่าถ้ำแห่งนี้ลึกทะลุไปถึงเมืองพญานาคราช เจ้าแห่งบาดาล)  เมื่ออัญเชิญผอบทองคำ และประดิษฐานพระธาตุนั้นเสร็จแล้วจึงทรงให้ทหารช่วยกันเลื่อนหินขี้ควาย (ศิลาแลง)  ก้อนใหญ่ลงปิดปากถ้ำเสียและทรงโปรดสร้างพระเจดีย์  ครอบพระบรมสารีรีกธาตุ  เอให้เป็นที่สักการะกราบไหว้ของเทวดา และมนุษย์ทั้งหลายต่อไป  พระเจดีย์องค์นี้   ดังกล่าวคือ  พระธาตุขะอูบคำ  ที่ประดิษฐาน    วัดสะแล่งปัจจุบัน และจึงเป็นที่มาของวัดสะแล่งสืบต่อมา

                 
คำว่า  “สะแล่ง”   เป็นชื่อของดอกไม้ป่าชนิดหนึ่ง  เป็นไม้ยืนต้นดอกสีสีขาวนวล  ลักษณะของดอกคล้ายดอกปีป  (กาสะลอง)  คือมีลักษณะปลายแหลมเหมือนหอกโบราณ  สาเหตุที่วัดแสะแล่งใช้ชื่อดอกไม้เป็นชื่อวัดนั้นมี  ตำนานเล่าว่า  สมัยพุทธกาลเมื่อสมเด็จสัมมาสัมพุทธเจ้าได้เสร็จมาถึง  ดอนสะแล่ง  หรือ  สะแล่ง  แก้วดอนมูล  หรือ  ดอนสะแล่งหลวง  เจ้าเมือง และชาวบ้านต่างพากันมาถวายภัตตาหารครั้นเมื่อพระพุทธเจ้า  เสวยภัตตาหารเสร็จ   นางคำฟุ่น  และ  นางคำเฟย   มเหสีเจ้าเมืองจึงได้นำเอาดอกสะแล่งถวายพระพุทธเจ้าเพื่อเป็นพุทธ บูชา   พระศาสดาทรงรับ   และอนุโมทนา  และก็ได้ตรัสเป็นพุทธทำนายไว้ว่า 
           
“ต่อไปในอนาคตกาล     สถานที่แห่งนี้ 

   จักเป็นที่ ประดิษฐานพระธาตุของเรา    ตถาคต และสถานที่แห่งนี้  ก็จะเจริญรุ่งเรือง สืบต่อไปในกาลข้างหน้า”
                 ตั้งแต่พระนางจามเทวีได้ประดิษฐานพระบรมสารีรีกธาตุ ดอนสะแล่ง  เป็นต้นมา  ได้มีการบูรณะปรับปรุงเปลี่ยนแปลงมาหลายยุคหลายสมัยตาม หลักฐานที่เป็นโบราณวัตถุ  และศิลปะวัตถุ  อาทิเช่นพระพุทธรูปตั้งแต่สมัยทวาราวดีเรื่อยมาจนถึงสมัยอยุธยา  ตอนปลาย   เศษกระเบื้อง  เครื่องปั้น  ดินเผา เครื่องสำริด  ขวานสำริด และขวานหินรวมอยู่ด้วย   มีทั้งแผ่นอิฐ  จารึกอักษรโบราณอยู่หลายแผ่น และทั้งหมดได้ถูกจัดเก็บไว้ภายในวัด และบางส่วนได้นำออกมาแสดงอยู่ที่ศาลาการเปรียญ  ซึ่งจัดให้เป็นพิพิธภัณฑ์โบราณวัตถุและของสำคัญอื่น ของวัด
              
การบูรณะปฏิสังขรณ์วัด และก่อสร้างศษสนวัตถุนั้นหลังจากที่ได้รับการสร้างพระธาตุอูบขะคำแล้วประมาณปี ..  1300 – 2020  ได้มีการสร้างบอุโบสถ กุฏิ กำแพง  บ่อน้ำ  ซุ้มพระ  ซุ้มสิงห์จามเทวี  ซึ่งก่อสร้างเหล่านี้มีอายุนับร้อยนับพันปีเกิดความทรุดโทรม  และเกิดความเสียขึ้นตามกาลเวลา  ทางวัดจึงได้ทำการบูรณะตาม  สมควรแต่พยายามคงสภาพเดิมไว้มากที่สุด

           จากประวัติความเป็นมาของวัดสะแล่งแห่งนี้   ได้มีการกล่าวถึงเจ้าอาวาสองค์ก่อนหน้าองค์ปัจจุบันนี้น้อยมากโดยไม่มีระบุเป็นลายลักษณ์อักษรไว้เลย  หากจะมีก็เป็นเรื่องเล่าสืบต่อกันมาของชาวบ้านในพื้นที่เท่านั้นซึ่งพระเถระที่เป็นเจ้าอาวาส  และยังกล่าวถึงในปัจจุบันคือ  พระครูบาสุปินโน  เพียงองค์เดียว  นอกนั้นไม่มีหลักฐานใดระบุไว้เลย 
          
วัดสะแล่งได้ก่อสร้างมาเป็นเวลานาน เป็นวัดที่มีความเก่าแก่มากตั้งแต่สมัยทวาราวดีเรื่อยมาและได้กลายเป็นวัดร้างหลาย ยุคหลายสมัย  แต่มิได้มีการบันทึกไว้ ซึ่งครั้งหลัง สุดท้ายกลายเป็นวัดร้างเกือบ  300 ปี ก่อนที่
     

                  พระครูบาวิจิตรนวการโกศล   หรือ พระครูบาสมจิตร  และ พระครูสีลสังวราภิรัต  ซึ่งในเวลานั้นพระครูสีลสังวราภิรัต  ยังเป็นสมเณรมิ่ง   เต็มใจ   ได้เข้าบูรณะปฏิสังขรณ์  วัดใหม่จากที่เป็นวัดร้างเมื่อปี ..  2506  หรือเมื่อ  37 ปีที่แล้ว 

          จนกระทั่งเมื่อวันที่ 30 กันยายน  .. 2527 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศให้วัดสะแล่งแห่งนี้จากที่เป็นวัดร้างกลายเป็นวัดที่มีพระสงฆ์  และในวันที่ 30 ธันวาคม  .. 2529 ก็ได้รับพระราชทาน  วิสุงคามสีมา  และเมื่อวันที่  20 เมษายน  2532  พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่   โปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชสยามมงกุฎราชกุมารเสร็จแทนพระองค์ทรงตัดลูกนิมิตรพระอุโบสถหลังใหม่